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Le système d’information sanitaire dispose de deux outils mobiles pour la collecte des données :
 
- Le Rapport mensuel des activités des formations sanitaires : utilisé comme formulaire de collecte au niveau des soins externes, il comporte des informations sur les consultations curatives, le Programme Élargi de Vaccination (PEV), la Santé Maternelle et Infantile, le Planning Familial, la gestion des médicaments/Initiative de Bamako (IB), les ressources matérielles et les ressources humaines ;
 
- Le Rapport mensuel des malades hospitalisés : support de transcription des données d’hospitalisation, ce formulaire comporte un ensemble d’informations sur les malades (diagnostic à la sortie, sexe, âge, provenance, profession, date d’entrée, date et mode de sortie). Il est utilisé pour la collecte des données au niveau des soins internes.
 
L’information sanitaire parcourt le circuit suivant : les rapports mensuels, remplis au niveau des formations sanitaires sur la base des différentes formes de registres parviennent à la Direction Préfectorale de Santé (DPS) dans les sept jours qui suivent la fin du mois. La DPS, après en avoir contrôlé l’exhaustivité, la précision des termes diagnostiques et la cohérence, envoie une copie à la Direction Régionale de la Santé (DRS) au plus tard à la fin du mois qui suit le mois concerné. La DRS constitue une base de données au niveau régional et envoie après saisie (à partir du début du mois de janvier) les données au niveau central par voie électronique ou par support magnétique. La DISER compile les données en provenance des six régions sanitaires et procède au recueil d’informations complémentaires (démographiques, financières, …). Elle met à jour une base de données nationale qui permet de produire, entre autres, des documents d’informations et un annuaire de statistiques sanitaires.